琉璃與水晶主要有以下不同：
　　
    A、在史書上有明確的區分
金剛經上就有類似的記載。在中國所有的佛經中，佛家七寶的前五類是公認的，即金、銀、琉璃、硨磲*一種軟體動物*瑪瑙，后兩類有說是水晶的，有說是琥珀、玻璃的，不一而足，這說明琉璃是公認的佛家寶{TodayHot}物；琉璃與水晶及玻璃截然不同。
　　B、化學成分不同
天然水晶、琉璃、玻璃的主要成分都是二氧化硅
當代國家級的權威專著《中國古琉璃研究》記載：古埃及“費昂斯”（也就是西方水晶玻璃的始祖）二氧化硅的比例92%（不通透）-99%，中國周朝時的琉璃，二氧化硅的比例僅僅是略大于90%（通透）。這9%的區別就是琉璃與水晶最大的不同。
　　C、成份詳解
　　古代的琉璃是用琉璃石加入琉璃母燒制而成的，琉璃石是一種有色水晶材料，的主要成份應該以二氧化硅為主，琉璃母則是一種采自天然又經人工煉制后的古法配方，可以改變水晶的結構與物理特性，在造型、色彩與通透度上有明顯的不同。
　　明代的藥玉應該是琉璃母的配方上有一些不同，所以明代的藥玉色彩少變化，也不通透。
　　琉璃的等級實際上取決于琉璃母的原料與配制方法，這是自古以來的不傳之秘，正是因為琉璃母的存在，才使中國古法琉璃與水晶乃至西方的水晶玻璃“費昂斯”在成份上有了9%的不同。